MTs Negeri Halmahera Barat adalah satu-satunya Madrasah Tsanawiyah Negeri Yang ada di Kabupaten Halmahera Barat tepatnya di Desa Bobaneigo Madihutu Kecamatan Jailolo Selatan. MTs Negeri Halmahera Barat pertama kali diresmikan oleh Kepala Kantor Wilayah Kementerian Agama Provinsi Maluku Utara pada tanggal 23 Juli 2019 berdasarkan Surat Keputusan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 731 Tahun 2018.